Le Japon est infesté de kaiju, et le travail de Kafka Hibino consiste à se débarrasser de leurs carcasses. Pendant ce temps, son amie d’enfance, Mina Ashiro, grimpe les échelons…

Dans un Tokyo abandonné, infesté de bulles et d’anomalies gravitationnelles, le destin rapproche un jeune homme brillant et une jeune fille mystérieuse.