Le célèbre détective Conan se rend sur l’île de Hachijô, où des ingénieurs du monde entier travaillent sur « La bouée du Pacifique », une installation de sécurité mondiale en mer. Pendant ce temps, il découvre que l’Organisation des Hommes en Noir a kidnappé une ingénieure et qu’une ombre menaçante plane sur son amie Ai Haibara.